咖啡鲜果主要是清洗、脱壳、脱胶污水，该废水成分复杂，有机污染物和氨氮含量较高，但可生化性较差。污水中含有脂肪、可溶性蛋白质，并以胶体、悬浊液和乳浊液的形式存在，属于较难处理的工业废水之一。
由于废水的成分复杂，有机物浓度较高，且溶解性的cod占有较大比例，生化性较差，所以采用简单的物化和生化处理，很难达到排放标准要求。
目前云南咖啡植区咖啡鲜果加工一般采用脱皮脱胶一次完成的半湿法加工工艺，一般每加工1吨鲜果耗水1-2 吨，平均1.5吨左右;此外，也有少部分加工企业仍采用全湿法加工工艺，采用此加工工艺一般每加工1吨咖啡鲜果需耗水5-10吨，平均7吨左右;还有极少部分采用干法加工工艺或蜜处理加工工艺的，则耗水量极少或基本不耗水。
采用超细滤网、调节池、叠螺式除果胶机、ACS厌氧反应、气浮系统、水解酸化、AmOn生化反应与高效强氧化深度处理相结合的方法，其中叠螺式除果胶机通过投加两种药剂使果胶絮凝后经过叠螺式压滤机进行果胶与水分离，果胶通过堆肥后回用咖啡地，清水进入下一个工序继续处理。经过此工艺流程，废水的有机物含量和粘度很低，达到了《污水综合排放标准》GB8978‑1996一级排放标准，实现达标排放。该工艺具有能耗低，工艺操作简单，同时不会引起二次污染等优点。